FFPE - от англ. Formalin-Fixed Paraffin-Embedded. FFPE-образцы являются ценным способом сохранения биоматериала для исследований в течение длительного времени. Сохраненные таким образом биоматериалы могут быть использованы в том числе и для ретроспективных исследований.

Выделение ДНК из FFPE парафиновых сред / парафиновых блоков используется в молекулярной диагностике и исследованиях онкологии.

Однако, выделение ДНК из FFPE-образцов является сложной задачей, так как формалин, используемый для фиксации тканей, может повредить ДНК, что приводит к ее фрагментации и деградации. Кроме того, парафин, используемый для встраивания тканей в блоки, также может затруднять выделение ДНК.

Для выделения ДНК из FFPE мы рекомендуем воспользоваться набором D-FFPE. Набор содержит все необходимые реагенты и инструкции для выполнения процесса. Принцип действия набора основан на селективной сорбции нуклеиновых кислот из предварительно лизированного образца на мембране из диоксида кремния, последующей промывке и элюции очищенного продукта.

Выделенная набором D-FFPE ДНК может быть использована для различных молекулярно-биологических исследований: ПЦР, ПЦР-РВ, ник-трансляции, секвенирования, генотипирования, анализа SNP и др.

Вначале следует подготовить образцы к работе - сделать срезы толщиной до 10 мкм.

Далее нужно произвести депарафинизацию образцов – поместить срезы в депарафинизирующий буфер, инкубировать, перемешать и центрифугировать, после чего удалить супернатант, не захватывая осадок тканей. В состав набора D-FFPE входит буфер для депарафинизации, который не содержит токсичных и легколетучих компонентов (без запаха).

Когда образец очищен от парафина, его нужно лизировать согласно протоколу набора D-FFPE, и удалить примеси РНК, если требуется провести очистку от них. В составе набора есть РНКаза А для очистки выделенного образца от примесей РНК.

Затем образец наносится на колонку и центрифугируется, после чего колонка промывается.

Для получения элюата нужно перенести колонку в новую микропробирку, и нанести на центр фильтра колонки предварительно прогретый буфер для элюции, инкубировать и затем центрифугировать. Полученный элюат нужно хранить при температуре -20°C.

Количество выделяемой ДНК до 10 мкг.

Целостность выделенной ДНК можно проверить с помощью проведения ПЦР на длинные фрагменты (от 500 п.н.). После проведения ПЦР продукты амплификации необходимо проверить с помощью гель-электрофореза в 1% агарозном геле.

Набор позволяет проводить щадящее выделение ДНК и получать фрагменты ДНК длиной более 1000 п.н., удаляя ингибиторы ПЦР.