Амплификация длинных и сложных матриц
В настоящий момент полимеразная цепная реакция является одним из основных методов как для фундаментальных исследований в молекулярной биологии, так и для Диагностики.
1
Амплификация длинных и сложных матриц
В настоящий момент полимеразная цепная реакция является одним из основных методов как для фундаментальных исследований в молекулярной биологии, так и для Диагностики.
Однако зачастую некоторые исследователи сталкиваются с затруднениями при постановке ПЦР. В первую очередь это может быть связано с использованием «сложных» ДНК-матриц.
К сложным матрицам относят участки генома с высоким содержанием пар GC (более 65%). Кроме того, сложными матрицами также являются участки ДНК, с образованием вторичных и комплексных структур, а также протяженные участки для амплификации.
Для работы с GC-богатыми матрицами рекомендуем использование GC-Энхансера (SP012-200/1000). Реактив легко и воспроизводимо улучшает амплификацию мишени и повышает выход реакции.
Для того, чтобы получить длинный ПЦР продукт рекомендуем использовать:
БиоМастер LR HS-ПЦР (2x) (MH040-100/400),БиоМастер LR HS-ПЦР-Color (2x) (MHC040-100/400), который удобно наносить на гель для последующего электрофореза.
Благодаря наличию высокопроцессивной полимеразы pfu, смеси LR являются также эффективными для любых сложных матриц. Для классической ПЦР рекомендуем также наборы БиоМастер HS-Taq ПЦР-Спец (2×) (MH011-200), которые оптимизированы для проведения эффективной и воспроизводимой ПЦР c “горячим” стартом на сложно-структурированных или GC-богатых участках ДНК.
В компании Биолабмикс также существует решение для ОТ-ПЦР с использованием сложных матриц – это БиоМастер ОТ-ПЦР–Премиум (2×) (RM05-40/200), в состав которой входит M-MuLV –RH, HS-Taq ДНК-полимераза и Pfu ДНК-полимераза в оптимальном соотношении для протекания обеих реакций и повышения точности.
Для обратной транскрипции сложных и длинных фрагментов рекомендуем использовать генетически модифицированную обратную транскриптазу (ревертазу) вируса лейкемии мышей - RNAscribe RT, которая способна синтезировать первую цепь кДНК длиной до 9 т.о. и включать модифицированные основания. Оптимальные условия протекания такой реакции поддерживаются в наборе БиоМастер ОТ-ПЦР-РВ-Экстрим (2×) RM01-80 (400).
Кроме того, для эффективного проведения ПЦР с использованием сложных или длинных матриц необходимо выполнять несколько важных условий:
1. Увеличение времени денатурации или температуру для эффективного разделения матриц двухцепочечной ДНК.
2. Уменьшение температуры отжига и элонгации, чтобы улучшить связывание праймеров и термостабильность фермента.
3. Использование целостной ДНК, очищенной от примеси, в случае сложных матриц данный параметр является достаточно значимым.
4. Использование оптимизированных праймеров с максимально близким GC-составом
5. Увеличение количества циклов для повышения выхода реакции.
6. Использование GC-энхансеров и высокопроцессивных ферментов и оптимизированных композиций ферментов.
Таблица комплексного решения
Имя
Каталожный №
Количество реакций (50 мкл)
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Имя
БиоМастер ОТ-ПЦР–Премиум (2×)
Набор содержит 2× буфер для ОТ-ПЦР–Премиум, содержащий все необходимые компоненты (за исключением ферментов, РНК матрицы и праймеров); смесь ферментов БиоМастер-Премиум-микс, воду, обработанную ДЭПК, ДМСО и буфер для нанесения (6×).
В состав БиоМастер-Премиум-микс входит M-MuLV –RH, HS-Taq ДНК-полимераза и Pfu ДНК-полимераза в оптимальном соотношении для протекания обеих реакций.
Имя
БиоМастер LR HS-ПЦР (2x)
2х реакционная смесь предназначена для амплификации длинных фрагментов ДНК от 0,2 до 30 т.п.о. с «горячим» стартом. А также для амплификации GC-богатых (>65%) и сложных участков ДНК.
Имя
БиоМастер LR HS-ПЦР-Color (2x)
2х реакционная смесь предназначена для амплификации длинных фрагментов ДНК от 0,2 до 30 т.п.о. с «горячим» стартом, а также для амплификации GC-богатых (>65%) и сложных участков ДНК. Смесь содержит красители, не влияющие на работу полимеразы, и компоненты,
увеличивающие плотность пробы для удобства нанесения на гель.
Имя
БиоМастер HS-Taq ПЦР-Спец (2×)
Смесь оптимизирована для проведения эффективной и воспроизводимой ПЦР c “горячим” стартом на сложно-структурированных и/или GC-богатых ДНК-матрицах.
Имя
БиоМастер ОТ - ПЦР– Премиум - Сolor (2×)
Набор БиоМастер ОТ-ПЦР–Премиум-Сolor (2×) содержит 2× буфер для ОТ-ПЦР–Премиум-Сolor, содержащий все необходимые компоненты (за исключением ферментов, РНК матрицы и праймеров); смесь ферментов БиоМастер-Премиум-микс, Воду, обработанную ДЭПК, ДМСО и буфер для нанесения (6×).
В состав БиоМастер-Премиум-микс входит M-MuLV –RH, HS-Taq ДНК-полимераза и Pfu ДНК-полимераза в оптимальном соотношении для протекания обеих реакций.
Имя
Каталожный №
Количество реакций (25 мкл)
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Имя
БиоМастер ОТ-ПЦР-РВ-Экстрим (2×)
Набор реагентов БиоМастер ОТ-ПЦР-РВ-Экстрим (2×) содержит 2× буфер для ОТ-ПЦР-РВ-Экстрим, содержащий все необходимые компоненты (за исключением РНК матрицы и праймеров); БиоМастер-микс-Экстрим и воду, обработанную ДЭПК. Набор предназначен для проведения обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ОТ-ПЦР РВ) с флуоресцентными зондами одношаговым методом.
Имя
БиоМастер HS-qPCR-Спец (2×)
Набор содержит 2× реакционную смесь БиоМастер HS-qPCR-Спец (2×) и стерильную воду. В состав БиоМастер HS-qPCR-Спец (2×) входят все необходимые компоненты ПЦР (исключая ДНК-матрицу, праймеры и зонд): HS-Taq ДНК-полимераза, смесь dNTP, 2× ПЦР-буфер, Mg2+.
Имя
Каталожный №
Количество (мкг)
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Имя
ДНК маркер Step50 plus
ДНК маркер Step 50 plus (13 фрагментов: от 50 до 1500 п.н. с шагом в 50 п.н. от 50 до 400 п.н.), 50 мкг в 500 мкл (0,1 мг/мл), готовый к нанесению.
Имя
ДНК маркер Step 100
ДНК маркер Step 100 (10 фрагментов: 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900 и 1000 п.н.), 50 мкг в 500 мкл (0,1 мг/мл), готовый к нанесению.
Имя
ДНК маркер Step 100 Long
ДНК маркер Step 100 Long (14 фрагментов: 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1500, 2000 и 3000 п.н.), 50 мкг в 500 мкл (0,1 мг/мл), готовый к нанесению.
Имя
Каталожный №
Количество мкл
Цена за шт
Кол-во
Сумма