Амплификация длинных и сложных матриц

В настоящий момент полимеразная цепная реакция является одним из основных методов как для фундаментальных исследований в молекулярной биологии, так и для Диагностики.

1
Амплификация длинных и сложных матриц

Untitled (32).png
В настоящий момент полимеразная цепная реакция является одним из основных методов как для фундаментальных исследований в молекулярной биологии, так и для Диагностики.

Однако зачастую некоторые исследователи сталкиваются с затруднениями при постановке ПЦР. В первую очередь это может быть связано с использованием «сложных» ДНК-матриц.

К сложным матрицам относят участки генома с высоким содержанием пар GC (более 65%). Кроме того, сложными матрицами также являются участки ДНК, с образованием вторичных и комплексных структур, а также протяженные участки для амплификации.

Для работы с GC-богатыми матрицами рекомендуем использование GC-Энхансера (SP012-200/1000). Реактив легко и воспроизводимо улучшает амплификацию мишени и повышает выход реакции.

Для того, чтобы получить длинный ПЦР продукт рекомендуем использовать:
БиоМастер LR HS-ПЦР (2x) (MH040-100/400),
БиоМастер LR HS-ПЦР-Color (2x) (MHC040-100/400), который удобно наносить на гель для последующего электрофореза.

Благодаря наличию высокопроцессивной полимеразы pfu, смеси LR являются также эффективными для любых сложных матриц. Для классической ПЦР рекомендуем также наборы БиоМастер HS-Taq ПЦР-Спец (2×) (MH011-200), которые оптимизированы для проведения эффективной и воспроизводимой ПЦР c “горячим” стартом на сложно-структурированных или GC-богатых участках ДНК.

В компании Биолабмикс также существует решение для ОТ-ПЦР с использованием сложных матриц – это БиоМастер ОТ-ПЦР–Премиум (2×) (RM05-40/200), в состав которой входит M-MuLV –RH, HS-Taq ДНК-полимераза и Pfu ДНК-полимераза в оптимальном соотношении для протекания обеих реакций и повышения точности.

Для обратной транскрипции сложных и длинных фрагментов рекомендуем использовать генетически модифицированную обратную транскриптазу (ревертазу) вируса лейкемии мышей - RNAscribe RT, которая способна синтезировать первую цепь кДНК длиной до 9 т.о. и включать модифицированные основания. Оптимальные условия протекания такой реакции поддерживаются в наборе БиоМастер ОТ-ПЦР-РВ-Экстрим (2×) RM01-80 (400).

Кроме того, для эффективного проведения ПЦР с использованием сложных или длинных матриц необходимо выполнять несколько важных условий:

1. Увеличение времени денатурации или температуру для эффективного разделения матриц двухцепочечной ДНК.
2. Уменьшение температуры отжига и элонгации, чтобы улучшить связывание праймеров и термостабильность фермента.
3. Использование целостной ДНК, очищенной от примеси, в случае сложных матриц данный параметр является достаточно значимым.
4. Использование оптимизированных праймеров с максимально близким GC-составом
5. Увеличение количества циклов для повышения выхода реакции.
6. Использование GC-энхансеров и высокопроцессивных ферментов и оптимизированных композиций ферментов.

Таблица комплексного решения

Наименование
Каталожный №
Количество реакций (50 мкл)
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Наименование
БиоМастер ОТ-ПЦР–Премиум (2×)
Каталожный №
RM05-40
Количество реакций (50 мкл)
40
Цена за шт
5 900 ₽
в корзине
5 900 ₽
Каталожный №
RM05-200
Количество реакций (50 мкл)
200
Цена за шт
27 000 ₽
в корзине
27 000 ₽
Наименование
БиоМастер LR HS-ПЦР (2x)
Каталожный №
MH040-100
Количество реакций (50 мкл)
100
Цена за шт
5 200 ₽
в корзине
5 200 ₽
Каталожный №
MH040-400
Количество реакций (50 мкл)
400
Цена за шт
22 200 ₽
в корзине
22 200 ₽
Наименование
БиоМастер LR HS-ПЦР-Color (2x)
Каталожный №
MHC040-100
Количество реакций (50 мкл)
100
Цена за шт
5 400 ₽
в корзине
5 400 ₽
Каталожный №
MHC040-400
Количество реакций (50 мкл)
400
Цена за шт
23 300 ₽
в корзине
23 300 ₽
Наименование
БиоМастер HS-Taq ПЦР-Спец (2×)
Каталожный №
MH011-200
Количество реакций (50 мкл)
200
Цена за шт
4 400 ₽
в корзине
4 400 ₽
Каталожный №
MH011-1020
Количество реакций (50 мкл)
1 020
Цена за шт
18 700 ₽
в корзине
18 700 ₽
Наименование
БиоМастер ОТ - ПЦР– Премиум - Сolor (2×)
Каталожный №
RMC05-40
Количество реакций (50 мкл)
40
Цена за шт
5 900 ₽
в корзине
5 900 ₽
Каталожный №
RMC05-200
Количество реакций (50 мкл)
200
Цена за шт
27 000 ₽
в корзине
27 000 ₽
Наименование
Каталожный №
Количество реакций (25 мкл)
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Наименование
БиоМастер ОТ-ПЦР-РВ-Экстрим (2×)
Каталожный №
RM01-80
Количество реакций (25 мкл)
80
Цена за шт
6 800 ₽
в корзине
6 800 ₽
Каталожный №
RM01-400
Количество реакций (25 мкл)
400
Цена за шт
30 800 ₽
в корзине
30 800 ₽
Наименование
БиоМастер HS-qPCR-Спец (2×)
Каталожный №
MH022-400
Количество реакций (25 мкл)
400
Цена за шт
4 100 ₽
в корзине
4 100 ₽
Каталожный №
MH022-2040
Количество реакций (25 мкл)
2 040
Цена за шт
18 600 ₽
в корзине
18 600 ₽
Наименование
Каталожный №
Количество (мкг)
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Наименование
ДНК маркер Step50 plus
Каталожный №
S-8055
Количество (мкг)
50
Цена за шт
1 300 ₽
в корзине
1 300 ₽
Наименование
ДНК маркер Step 100
Каталожный №
S-8100
Количество (мкг)
50
Цена за шт
1 300 ₽
в корзине
1 300 ₽
Наименование
ДНК маркер Step 100 Long
Каталожный №
S-8103
Количество (мкг)
50
Цена за шт
1 300 ₽
в корзине
1 300 ₽
Наименование
ДНК маркер Sky-High
Каталожный №
S-8000
Количество (мкг)
50
Цена за шт
1 300 ₽
в корзине
1 300 ₽
Наименование
Каталожный №
Количество мкл
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Наименование
GC-энхансер
Каталожный №
SP012-200
Количество мкл
200
Цена за шт
1 900 ₽
в корзине
1 900 ₽
Каталожный №
SP012-1000
Количество мкл
1 000
Цена за шт
7 500 ₽
в корзине
7 500 ₽
Наименование
Каталожный №
Количество мл
Цена за шт
Кол-во
Сумма
Наименование
4-кратный буфер для хранения и нанесения образцов ДНК «БиК»
Каталожный №
D-3002
Количество мл
1
Цена за шт
200 ₽
в корзине
200 ₽